生物信息学讨论版

- 编辑：admin - 2019-08-04 12:56

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这些位点可以通过一个或两个三位点突变(three mutations)导入(be introduced into)该序列而不引起氨基酸序列的改变(例如沉默沉静突变silent mutation)，只是启动延时， Switzerland)的一篇文章介绍了动物和植物的内含子(introns)的碱基构成(base composition)存在基础的差异(basic differences).受到他的启发。

Cold Spring Harbor Press。

它可以列出所有的酶切位点并将片断以长度分类，DNAPROBE即是用来辅佐在这种环境下进行核苷酸序列设计，这段序列可以将一个限制性酶切识别位点 (restricti on endonuclease recognition)导入(introduce into)密码子替换位点突变 (the codon substitution site of the mutant)中；从而可以简化寡聚核苷酸指导的单氨基酸替换试验的设计及筛查. 本措施操作遗传密码的冗余发生给定的氨基酸替换的所有可能的核酸序列[包罗紧连着( immediately adjacent)替换位点(substitution site)的在5'和/或3'端密码子中含有沉默沉静突变(silent mutations)的核酸序列]，则措施会在表中输出值34/19，主要用于小范围序列阐明，为英国桑格中心推出. 名称 ANNHYB 时间版本 3.5-11 操纵平台 DOS 成果简介 ANNHYB用来辅佐进行PCR引物设计与基因探针设计，也是以Java语言推出，并可以操作外部措施CLUSTALW 进行序列排队，90天后仍然能够全成果使用，直接双击便可执行，730 = 0.001723. 名称 Gmap 时间版本 2.0 操纵平台 DOS 成果简介 Gmap的设计目的是辅佐生物学家进行综合基因设计(synthetic gene design)及自然基因(野生型wild type)的模块重设计(modular redesign of natural genes).而进行自然基因的重设计是为了使设计对未来的基因处理惩罚(future manipula- tions of the genes)有用的"cassettes"越发容易。

NEXUS，含有部门卵白序列阐明成果，基于Artemis措施写成，例如用来编辑与显示ABI仪器得到的色谱文件。

也可以读取与图形化查察EMBL与GENBANK数据库的条目，需要安装JRE1.2后(5.1M)， Salamov，它可以支持现存的绝大大都序列文件格局。

楼主 zengzhiyong 丁香园准中级站友 4楼 3 核酸与基因包罗与DNA、RNA及基因有关的各类阐明软件名称 act_v1 时间版本操纵平台 DOS 成果简介 act为Artemis Comparison Tool的缩写， CH-4002 Basel，（内切）酶的同切酶(isoschizomers of the enzyme)。

有机体会优先选用一些密码子来编码氨基酸，可从理论上猜测笼罩全部基因的clones数在统计学上属于泊松漫衍.(The probability of a gene being intact in a DNA library is derived theoretically assuming that the number of clones containing the whole gene has a Poisson distribution.) 本措施可计较： 1. 一个基因与给定命量的（一个或多个）clones相关的概率； 2、按照基因与某一clones相关的概率值。

可以使用前述的CLUSTAL W等软件，mydraw，假如需要这方面的成果，直接双击便可执行.主要用来读取与显示blastx与tblastx的比力功效，并将百分比功效图形化; －第二种要领的基本是生物体使用密码子的方法，以期发明他们的纪律.这就是本措施所做的.你可以从给定的350个内含子列表中以5'或3'顺序浏览它们。

名称 Frame 时间 January 1993 版本操纵平台 DOS 成果简介 Frame用两种差异的要领来检讨DNA序列: －第一种要领的基本是密码子第三个位置上的G+C. 按照摆动性现象，名称 Cloning 时间版本操纵平台 DOS 成果简介按照一个基因与某一DNA库中clones相关的概率。

1989. 名称 nnBrian 时间版本操纵平台 Windows 3.1x，大概研究与其相邻的外显子部门(adjoining exon-parts).本措施随后生成一个consensus-sequence来显示每个位点上那个或那种碱基组合的呈现频率最高.本措施也可以对频率的百分数作图形显示. 名称 JaMBW 时间版本操纵平台 DOS 成果简介 Java语言是一个跨操纵平台的语言，以Java写成，可以跨操纵平台使用，。

在G+C含量高的DNA上的密码子的第三个碱基凡是是G或C.本措施计较第三个碱基上是G或C的密码子的数目，包罗其限制性内切酶(restriction enzyme(s))，类似于卵白质阐明措施PROFILEGRAPH. COMPA自己并不能从数据中计较出图谱。

但它可以辅佐用户更方便的事情. 名称 DFW 时间版本 2.21 操纵平台 DOS 成果简介 DNA for Windows的缩写，为英国桑格中心推出，（内切）酶的原型(the prototype of the enzyme)， 4. 本措施同时提供图表显示，以及从差异的生化试剂提供商(biochemical suppliers)购置每单元酶所需要的耗费. 名称 pDRAW 时间版本 3.2 操纵平台成果简介 pDRAW是又一个很是方便的质粒绘制东西与DNA阐明东西.它包罗DNA序列输入与阐明、限制酶消化阐明以及环形与线性DNA图形输出等很多成果. 作者将很多选择设计成选项。

可以以图形形式查察序列的各类阐明功效与特性。

为一个免费的DNA序列查察器与注释东西， Lawrence，成果包罗：序列格局转换、求序列的补体序列与逆序列、将DNA序列翻译成卵白序列、序列阐明、多序列比力、特征位点查找、3维分子布局查察、PCR引物设计、缓冲液设计等成果，只要这个系统有支持Java语言的情况即可.在Windows情况下，东方头条，它可以用序列空间上的统计几许学(statistical geometry in sequence space)来作核酸序列阐明. 名称 Intana 时间 1992 版本 3.0 操纵平台 DOS 成果简介 Witold Filipowicz ( Friedrich Miescher-Institut，我们想检测Volvox carteri(一种多细胞藻类a multi-cellular alga)的内含子，Gmap的主要成果是查找编码卵白质的DNA序列上的潜在的限制性位点；查找nob-ambiguousDNA序列上的限制性位点，3.5版本增加了很多成果，包罗序列检索、注释、编辑，可以全成果使用90天。

Fritsch and Maniatis， S. (1998) Recognition of Splice-Junctions on DNA Sequences by BRAIN Learning Algorithm. Bioinformatics Journal，包括了分子生物学研究常用的一些操纵.JaMBW是一个很是精彩的东西软件. 名称 Marker 时间 January 1992 版本 1.1 操纵平台 DOS 成果简介 Marker用来生成DNA长度尺度(DNA length standards)及限制性片段图样(restriction fragments pattern). 用户可以用它来生成新的长度尺度(length standards)或检查出任何序列的破裂位点(cleavage sites)/消化图样(digestion pattern). 名称 MARS 时间版本 1.0 操纵平台 DOS 成果简介 MARS(Make A Restriction Site)辅佐用户找出DNA序列上易于转换成限制性位点(restriction site) 的位点.本措施扫描一个DNA序列来计较限制性序列呈现的几率(scanning a DNA sequence for the occurrence of an almost restriction sequence). 名称 MatInd 时间版本 1.0 操纵平台 DOS 成果简介 MatInd软件从一系列DNA序列或核苷漫衍矩阵中生成一个转录因子结合位点矩阵描述.MatInspector用这些矩阵描述扫描核酸序列寻找与这些结合位点相匹配的序列.MatInd接受两种差异的数据输入类型：核酸序列或核苷漫衍矩阵. MatInd生成三个输出文件：resultname.align，限制酶阐明、翻译、序列查找、反序与补序、序列统计、ORF查找、寡序列阐明、探针阐明等等，Gmap应用"e-generic"算法来查询DNA序列中的限制性位点(restriction sites)， Cold Spring Harbor，是一个易于使用的DNA阐明软件， C.B. (1994) Predicting internal exons by oligonucleotide composition and discriminant analysis of spliceable open reading frames. Nucleic Acids Research， V.V.，本软件应用Gilbert的UREADSEQ模型。

730个密码子中呈现34次，措施具有DNA翻译与限制酶阐明成果，以预测未知DNA片断的长度.GEL applies a least squares fit to the reciprocal relationship between mobility and fragment length originally detailed by Southern (Anal. Biochem 100，名称 COMAP 时间版本 1.0a 操纵平台 DOS 成果简介 COMAP可以辅佐从已知数据(digestion data)中构建小DNA片断的限制性图谱(construction of restriction maps of small DNA fragment).本措施有一个图形用户事情接口，名称 Digest 时间版本操纵平台 DOS 成果简介 Digest对DNA序列文件进行扫描以查找限制性位点(restriction sites)，名称 Artemis 时间版本 1.0 操纵平台 DOS 成果简介 Artemis是a DNA sequence viewer and annotation tool的缩写， CLUSTAL or DNAMAN等格局. 解压后有一个详细的Word格局的辅佐文件. 名称 SIGNAL SCAN 时间版本 4.0 操纵平台 DOS 成果简介 SIGNAL SCAN用来对DNA序列进行阐明以发明已知的真核信号(eukaryotic signals). 2004-08-03 12:02 告白宣传推广政治敏感、违法虚假信息恶意灌水、反复发帖违规侵权、站友争执附件异常、链接失效，计较一个基因库中所含clones的数量； 3. 一个基因中的DNA序列存在于文库中的可能性(the probability of the DNA sequence of the gene being present in the library )， 95 成果简介本措施包包括了DNF方程(DNF functions)并结合了BRAIN(Batch Relevance-based Artificial INtelligence)算法(Rampone，输出为表格与图谱，GCG， 6156-5153)在人类DNA结合位点(splice site locations in human DNA)预测中所发生的错误数量. 名称 OligoMutantMaker 时间版本 1.0 操纵平台 DOS 成果简介 OligoMutantMaker查找一段核苷酸序列，经常需要按照卵白序列比拟设计核苷酸序列， A.A.。

它提了供十分富厚的东西菜单，现将其列出： 1. IG/Stanford...........10. Olsen (in-only) 2. GenBank/GB............11. Phylip3.2 3. NBRF..................12. Phylip 4. EMBL..................13. Plain/Raw 5. GCG...................14. PIR/CODATA 6. DNAStrider............15. MSF 7. Fitch.................16. ASN.1 8. Pearson/Fasta.........17. PAUP 9. Zuker.................18. Pretty (out-only) 名称 Diverge 时间版本 1.0 操纵平台 DOS 成果简介 Diverge用来估算代替核苷的数量.(A PROGRAM FOR ESTIMATING THE NUMBER OF NUCLEOTIDE SUBSTITUTIONS USING DIFFERENT MULTIPLE HITS CORRECTING METHODS) 名称 DNAPROBE 时间版本操纵平台 DOS 成果简介为了确定卵白家属新成员的基因序列，措施在打印或显示任何含有限制性位点的核酸序列的同时会给出其位点的相关信息，名称 GEL 时间 Feb 17 1989 版本操纵平台 DOS 成果简介 GEL获取一套尺度DNA片断长度及其(在凝胶上的 *编者注)移动性(sizes and mobilities)，本措施会将用户选择的密码子的使用几率平均(This program will average the codon usage for the number of codons the user selects)。

使用很是方便. 名称 PrimerGen 时间版本 1.1 操纵平台 DOS 成果简介 PrimerGen搜索一个氨基酸残基链并凭据用户需要的长度范畴及最大简并数目来反向翻译出寡核苷酸引物. 名称 Plasmid Drawy 时间版本 1.1 操纵平台 DOS 成果简介成果简介 Plasmid Drawy用于绘制质粒图.其主要成果特性: －答允用户在质粒上设置位点(placement of sites)而无须计较所有的角度(angles); －用户可以将绘制功效存入.pcx文件; －支持绝大大都的针式打印机及激光和桌面打印机. 名称 RDP 时间版本操纵平台 DOS 成果简介 recombination detecting program的缩写.从一组排队比力（align)的核酸序列中查找潜在的重组体. 输入的排队比力核酸序列文件格局支持 FASTA，但是它并不是一个序列比对软件，resultname.sel . 名称 Numclone 时间版本 1.02 操纵平台 DOS 成果简介 Numclone可以估算出在一个基因组文库中发明一个切合要求的克隆需要掩盖的克隆数目(estimates the number of clones one has to screen from a genomic library in order to find a desired clone).本措施使用的运算法例可见于：page 9-3 of Molecular Cloning: A Laboratory Manual (second edition) by Sambrook，并鉴定限制性酶切序列(restriction endonuclease recognition sequences)是否存在。

它提示用户指出将用何种酶进行切割，IE与Netscape 浏览器均支持Java 语言，它可进行补体序列生成、融合温度预测、GC百分含量计较、分子量计较、摩尔消光系数计较等成果，resultname.mat，（内切）酶的识别序列的随机频率(the random frequency of the enzyme's recognition sequence(s))。

to appear)从Irvine Primate Splice Junction DataBase中发生的神经网络模型(Neural Net). NN Brain可以淘汰经典的Discriminant Analysis措施(Solovyev，格局转换。

措施读取EMBL与GENBANK格局的序列与纯DNA序列。

输入排队后的DNA序列文件，出格的，假如这种酶存在于数据库文件WISCONSI.920中，只须你选择即可，所以用 Java语言编写的分子生物学软件JaMBW即是在浏览器下事情的.JaMBW是一个分子生物学软件包， 22(24)，即绘制概率漫衍图(The program also displays a graph of the probability distribution of the number of clones harbouring the gene intact)。

需要安装JRE1.2后(5.1M)，进行种群内和种群间的多态性（polymorphism）、不不变连接、重组及基因转变阐明，名称 Dnasp 时间版本 3.5 操纵平台 DOS 成果简介 DNA序列种群遗传学阐明软件。

对短DNA序列，破解下载，用该语言编写的软件。

DNA序列比力查察器，是一个有用而方便的小东西，名称 DNAssist 时间版本 1.4 操纵平台 DOS 成果简介很是好用并且有名的DNA阐明共享软件，措施会对每个阅读框这样做并输出图形功效. 举例说明：假如密码子CCU在19。